La Intervención General del Estado ha emitido un informe favorable de la auditoría de cuentas del Centro en el año 2018. Desde su constitución en Consorcio, el Centro Asociado es sometido anualmente a una auditoría económica por parte de la IGAE y está sometido a la disciplina de la Oficina de Contabilidad Nacional del ministerio de Hacienda a la que debe informar mensualmente del periodo medio de pago.